Cuidado que yo tuve durante 6 años vibración sobre 2.200-2.300 rpm tanto en N como en cualquier velocidad, daba por hecho que sería la caja de cambios y resultó ser los inyectores, fue cambiarlos y desaparecer la vibración. Estaban mal, tampoco para cambiarlos de inmediato pero bien bien no iban (y estaban codificados correctamente)
Respecto a la caja de cambios, Si cambias la caja por otra idéntica con misma clave de Audi (por ejemplo GZW) y haces una adaptación no deberías tener ni un solo problema.
Otra opción sería poner la caja idéntica a la que sacas (GZW por ejemplo) y ponerle la mecatrónica vieja, solo tendrías que adaptarla con menor posibilidad de fallo electrónico.
No contemplaría otros escenarios... otra opción es ponerle una caja manual y te olvidas de historias raras jajaja.