Hola JLuis! A ver si mi opinión te puede ayudar.
Compré un Audi a3 tdi ambition en Ftomé hace 2 años, tenía 9 meses y 13.500kms. Mi coche también era de alquiler, así venía en la ficha técnica y tuve que pasar la itv a los dos años, una vez que la pasas te desaparece la mención de coche alquiler, hay que cambiar el servicio o el destino del coche (o algo así).
El comercial me explicó que estos coches se usaban 6 meses, los sacaban de la circulación, los revisaban y los ponían a la venta, por lo que en teoría solo tienen 6 meses de uso.
El precio respecto al original era un 33% mas barato y si lo financiaba con ellos me daban un año de garantía adicional, en total 3. Por aquel entonces no vivía en Madrid y el coche lo vi al pagarlo, lo compré a ciegas y estaba perfecto, salvo un rocecito en la llanta (que no me lo avisó el comercial, por cierto). De momento, despues de 2 años de uso y 63.000kms en total el coche va perfecto y no me ha dado ni el más mínimo problema. De hecho estoy pensando en cambiarlo y comprarme uno mas grande en Audi (en cualquier concesionario oficial, no solo en Ftomé) por el mismo procedimiento.
Tengo un colega que se compró un golf de ocasión en Ftomé pero no era de alquiler y de momento no tiene queja.
Sobre tus dudas sobre si lo matriculan de esta manera por tema de impuestos, no tengo ni idea, la verdad, ýo solo se lo que me comentaron.