Pues no se si llego tarde respondiendo a tu problema, soy nuevo en el foro, pero te cuento:
Yo tengo un A3 Sportback 1.6 tdi del enero de 2011 y me venia ocurriendo lo mismo, el startstop no funcionaba y el mes pasado tube que llamar a la grua porque no me arrancaba. La grua me lo arrancó y me fuí al conce, allí al.pricipio me dijeron que el.coche tenía un consumo y que por eso se me descargaba la batería. Total que despues de pasar una noche en el taller al fina lo que estaba mal era la batería. Y como suena todo esto? pues 270 eurazos y lo mismo que te dijeron a tí, que si es especial, de gel de no se qué... y ese precio lleva un 30 % en la batería despues de discutir un rato.
En fin, que lo del starstop es una m****, te ayuda a ahorrar conbustible y luego se lo lleva la batería. Ahora cada vez que monto en el coche lo primero que hago es desconectar el startstop, y la proxima vez que se vaya la batería me iré a carrefour a por la más barata.
Saludos.