Buenas, también tengo un A3 8L, pero del 1996 con turbo de geometría fija. Te puedo contar mi experiencia, primero tuve instalado un chip en la bomba durante 6 años aproximadamente y todo bien.
Le hice la repro en 2020 con 385.000 kms. Inyección al máximo (inyectores de serie que cambiare pronto) y turbo (también de serie) que sopla mantenidos 1,2 bar (aprox. 1,4 de pico).
Sinceramente, tenia que haberla hecho antes, ya que es una pasada como cambia el comportamiento del motor, es un coche totalmente distinto y encima gastando poco más gasoil del que gastaba. El par motor que saca con todo de origen, es brujería.
Inconvenientes en mi caso, pues que al ser tan antiguo, empezó a perder por alguna junta de aceite, también cambié juntas de la bomba de gasoil... si te lo haces tu, te sale baratísimo.
En octubre cambié también turbo y embrague, ya que tenia el turbo 385.000 km, le puse el mismo pero nuevo de fabrica. En tu caso ya lo tienes hecho.
Lo suyo sería una repro, vacías el catalizador o metes downpipe, y anulas la EGR.