Hola.Si te han reconstruido la caja entera debería de haber cambiado los discos de embrague de todas las marchas, esto debe de venir especificado en la factura.
Si no lo han hecho de ahí viene tu problema, es muy difícil de diagnosticar sin ver la caja por dentro.
También puede ser fallo de software o electrónico alguna válvula no trabaja muy bien.
Muy importante es el convertidor de par y de ahí pueden venir los patinazos, date cuenta que en marchas largas la inercia del coche hace el cambio de velocidad mas suave.