Hola, mira no te pasa nada si cambias el refrigerante, son compartimientos diferentes en el radiador. Ahora, si quitas el radiador, si lo ves de frente, las mangueras de la izquierda son las del ATF, al desconectarlas se pierde un poco, menos de medio L, pero hay que tener cuidado de no dejarlas hacia abajo por que ahi si te perderia un poco mas. tene mucho cuidado ya que esas mangueras tiene unos o rings que se te pueden perder facilmente.
Espero te sirva de algo, yo trabaje bastante eso en mi carro si necesitas mas ayuda te envio fotos y demas.
Saludos