Bueno, pues 3 meses después he conseguido que el mando funcione!!
Después de ir a un concesionario volkswagen en el que me dijeron que tenía que hacerme una copia de la llave ( con su mando, claro, un paston), otro taller en el que tras una hora con una maquina de diagnosis universal me dijeron que el mando (placa verde) no iba y habia que cambiarlo (estos al menos eran honrados, ni me cobraron), probar a casar un mando de la misma frecuencia que me dieron en un desguace, y haber probado todas las secuencias habidas y por haber con con el contacto y las puertas y preguntar en otros tantos talleres...El otro dia voy a un taller que me recomendaron por ser buenos con la electronica y en 1 minuto tenia el mando original programado, si, el que no "se podia" en la VW, simplemente lo hizo con el software original del coche en un pc conectado por el cable siguiendo los pasos normales.