Acabo de tener un problema similar, lo cuento para quien le sirva. Mi coche es un A4 2.0 TDI B7 motor BLB.
El coche funcionaba normal hasta alcanzar temperatura de servicio, normalmente pasados unos 15 minutos desde arranque en frio.
Entonces empezaba a notar unos tirones entre 2000 y 3000 vueltas al acelerar, a punta de gas no pasaba nada. A partir de 3000 daba tirones pero menos perceptibles.
Despues de volverme loco por si pudiera ser inyectores sucios o la sincronización del arbol de levas pensé en los cables de los inyectores. En este coche el tambor de los cables va detras del motor, (digamos al lado opuesto del radiador). Resulta que el conector estaba ligeramente suelto, lo apreté y problema resuelto!
Si apretando el conector sigue ocurriendo, puede ser que el problema este en las conexiones a los inyectores o malestado de los cables, para lo que hay que abrir la tapa de los balancines y echar un ojo.
Saludos!