Por si alguien tiene curiosidad por conocer la razón de esto:
Investigando un poco, parece ser que nuestra fuente de radares ha cambiado el nombre del antiguo R_BBS_tramo_limite_variable.csv por R_BBS_tramo_variable.csv.
¿Qué significa esto?
Que POICreator reconoce este fichero como un nuevo fichero, habiendo desparecido el anterior.
Consecuencia inmediata: en la configuración aparece un fichero que no tiene categoría asociada, y por lo tanto no puede generar los destinos especiales.
Por eso aparece el error indicando que la configuración no es correcta.
¿Cómo solucionarlo (y esto debe servir como experiencia para el futuro)?
Hay que ir a Configuración > Cambiar, donde podremos comprobar que hay un fichero sin categoría asociada, y asignarle una (normalmente la que ya teníais asociada al fichero anterior).
Y ya está.