El cambio multitronic y el stronic son completamente distintos. Su único punto en común es que ambos son automáticos, pero nada más.
El tema esta bastante tratado por el foro. Haz una busqueda y encontrarás un monton de información, pero te diré que el multitronic es un cambio diseñado para la comodidad por encima de todo, consiste en un variador continuo que va ajustando el cambio pero no se asemeja para nada con caja de cambios manual como la conocemos, ya que no tiene preasignadas las marchas tal y como las conocemos en una manual.
Mientras, el stronic es el que más se parece a una caja tradicional (manual) y se podría decir que es el más "deportivo". Prueba de ello es que los modelos más potentes no llevan cambio multitronic. Aunque dicho ésto, el stronic es muy suave siempre que no lo aprietes.
Empecemos porque el A3 y A4 son coches totalmente diferentes, pero, como todo, dependerá de tus prioridades y gustos, pero yo personalmente no me compraría un coche con multitronic (gustos personales). Claro está que si mi padre me pidiera opinión para comprar un automático le recomendaría un multitronic, eso está claro.
Por cierto, veo que ya has probado ambos cambios y eso es lo mejor para hacerse una idea de lo que más te gusta, pero en youtube hay videos de ambos cambios para que veas un poco las diferencias, échales un vistazo.