Como te ha dicho tempoman, puede ser que al hacer tope la ventanilla cuando esta cerrada, la vibracion nose produzca, pero si nada mas bajarla se empieza a escuchar, es que la ventanilla posiblemente no esta bien encajada en su sitio (o mecanismo).
Respecto a lo del movil, a mi no me ha pasado nunca y eso que he llevado varios moviles (V3, V3X, 8800Scirocco, N95) y con ninguno me ha hecho ese ruido.