Buenas.
Si te sirve de algo, yo no me lanzaría todavía a por los inyectores.
Dices que te daba fallo del sensor del árbol de levas y que sigue igual incluso cambiándolo por uno original. En ese caso yo miraría el sensor de cigüeñal o incluso el cableado antes de seguir cambiando piezas.
También veo que le hiciste la distribución y el retén del cigüeñal. No sé si el problema ya lo hacía antes de esa reparación o apareció después, pero yo comprobaría que todo esté bien por allí. No tiene por qué estar relacionado, pero cuando un diésel empieza a hacer arranques largos después de tocar distribución siempre merece la pena comprobar que todo haya quedado perfectamente sincronizado.
Por lo que cuentas, además, parece que el problema solo aparece en el primer arranque del día. A mí eso me haría pensar también en una posible pérdida de presión en el circuito de combustible o algún inyector que no esté fino del todo, pero sin comprobar valores es difícil saberlo.
A ver si algún compañero que haya pasado por lo mismo en ese motor puede aportar algo más, porque cambiar piezas al azar acaba saliendo caro.