Yo llevo un añito sin correr, pero cuando lo hacia, esporadicamente me pasaba. Para evitar que te ocurra, antes de correr echate la crema: physiogel A.I. crema (farmacia), ideal para cicatrizar hidratar y desinfectar la zona. De todos modos ten cuidado con echarte mucha vaselina o cremas cuando corras, ya que con el sudor, la crema y el roce se produce mucha humedad y te pueden salir hongos, ya que esa zona de la piel es muy sensible (como habrás podido comprobar).
El canesten que te han recetado también es para tratar candidas y hongos gram positivos sobre todo, que son los que te producen esa dermatitis. Haz el tratamiento que te ha mandado el médico y comienza a echarte otro tipo de crema que no tenga cortisona, como la que te he dicho arriba.
Espero haberte ayudado, un saludo!