En mi caso fue algo parecido, quizás te sea de ayuda.
Mi motor también funcionaba solo con tres cilindros.
Me pasaban la máquina ( VAG con portátil y BOSH ) y no salía ningún tipo de error, las bujías y bobinas cuando se probaban en otra posición funcionaban perfectamente.
Pero al hombre le dio por mirar como le entraba la señal eléctrica a la bobina del cilindro nº3 ( Fue ese en mi caso ) y se dio cuenta de que estaba totalmente distorsionada la señal.
El problema fue que de alguna manera entraba agua a la parte que conecta los pines de la centralita del coche con las bobinas y hacían contactos por el óxido( La centralita está debajo de la luna delantera del coche protegida por unos plásticos, que supuestamente llevan una especie de desagüe para que no se quede ahí retenida el agua, pero a mi se me quedaba retenida.) Los pines de la centralita estaban oxidados y la solución fue reparar con plata los pines y cambiar algunos plásticos para que corriese el agua.
Desde entonces todo perfecto.
Siento la tardanza por contestar, últimamente estoy escaso de tiempo por los exámenes Y no puedo postear todo lo que me gustaría