Mi voto viniendo de un 306 gti es ir a por el 2.0 TFSI y si puedes cogerlo con la T roja (220 cv) mejor. Esta versión monta o tiptronic o manual, esto depende ya de tus gustos y de lo que esperes del coche, si eres de autopistas coge el automático, si te gustan los puertos y disfrutar metiendo marchas, manual.
En el 2.0 TFSI es muy fiable, como mucho una válvula que vale 70 euros que se va en todos http://www.audisport-iberica.com/foro/index.php?/topic/286269-brico-cambio-electrovalvula-descarga-del-turbo/
En el 3.0 tdi, yo buscaría un 233, el 204 no me llega a agradar, además se suelen ir los inyectores.
Un saludo y esperamos pronto verte por aquí con coche