Que al no volver los gases de escape al motor para ser quemados por segunda vez el coche contamina algo mas, pero por el resto nada mas.
Y si no me equivoco notaras el motor un pelin mas alegre ya que el aire que entra el motor es mas limpio al no retornar los gases de escape al motor.
Edito: Quizas al anular la EGR te marque fallo en el cuadro y es posible que no puedas borrarlo ni con el Vag-Com, no lo se, a algunos les ha pasado y si te marca fallod e EGR en el cuadro no pasas la ITV.