La franquicia es por siniestro, si viene un hijo de y te ralla el coche entero solo se aplica una franquicia ya que todo es de un mismo siniestro, es como si te la pegas solo y estan afectadas diferentes partes del coche, si es en un mismo siniestro solo pagaras una franquicia.
Otra cosa son las tipicas rascaditas de aparcar, esa columna que no vemos, un llantazo, etc. si se ve claramente que no tienen nada que ver una cosa con otra aplican una franquicia por cada siniestro, como bien han dicho antes se suele aplicar 5 partes (o siniestros) frontal, trasera, los laterales y el techo
Saludos