Prueba poniendolo con el puerto usb,conecta el vag y ve a opciones,alli selecciona el puerto 4 (COM4)testealo y se supone que te tiene que ir bien,sobre lo de reprogramar la centralita tu mismo,mejor ni lo pienses.
Son cosas muy serias,sobre lo de recortarlo,se que en algun ibiza o ASI habia gente en que no le entraba bien y tenia que hacer cosas como tu,pero vamos yo se lo he metido a un b5 y no tuve que hacer nada