Si antes de la 23BK no daba P0741 y justo después de actualizar empieza con él, y encima ya llevas convertidor ZF, mecatrónica, solenoides y prácticamente toda la caja revisada, yo dejaría de cambiar piezas porque ya no tiene mucho sentido seguir por ahí.
El P0741 no significa necesariamente “convertidor roto”. Lo que está viendo la unidad es que manda bloquear el convertidor y el deslizamiento real no coincide con lo esperado. Ross-Tech da como posibles causas desde nivel/estado del ATF hasta válvula de presión, solenoides o el propio lock-up del convertidor:
https://wiki.ross-tech.com/wiki/index.php/17125/P0741/001857
En tu caso, después de todo lo que ya han cambiado, yo buscaría alguien con ODIS/VCP o VCDS que pueda registrar en marcha qué está haciendo el convertidor justo cuando aparece el fallo: rpm motor, rpm entrada caja, deslizamiento del lock-up, marcha solicitada/real y par solicitado por el motor. Que ocurra casi siempre en 4ª, a unos 80 km/h y subiendo es un dato buenísimo porque seguramente puedan reproducirlo.
Y sí intentaría probar el software anterior a la 23BK si encuentras a alguien que pueda hacerlo correctamente. No porque esté demostrado que esa actualización provoque P0741, que yo no he encontrado documentación técnica que diga eso, sino porque tienes un antes/después muy claro y ya se ha descartado muchísimo hardware.
También comprobaría que tras montar la caja hicieron las adaptaciones/basic settings correspondientes y el nivel de ATF con el procedimiento y temperatura correctos. Ross-Tech tiene también información específica de adaptación de las 09L/09E que montan los A4 B7:
https://wiki.ross-tech.com/wiki/index.php/6-Speed_Automatic_Transmission_%2809E/09L/0AT/0B6/0BQ%29
Yo antes de volver a bajar esa caja haría esas comprobaciones sí o sí. Después de año y medio y dos desmontajes ya toca medir, no seguir cambiando cosas.