Yo probaría antes que nada, limpiar la caja de mariposa y hacerle el ajuste básico con el VAG-Com. Y a partir de ahí, probar el coche a ver si continúa la avería o no.
El motor en frío, siempre va a tener las rpm un pelín más altas de lo normal. Es siempre para que el ralentí sea lo más estable posible, y como en estos vehículos no llevan inyector de arranque en frío ya, lo hacen a través de la mariposa de admisión. En el momento que la temperatura de motor sube a 30-40ºC, las rpm vuelven al ralentí normal (800rpm). Eso es en todos los vehículos gasolina actuales.
Por esto, no te va a aparecer la avería de rpm altas. Lo que si podrías hacer es verificar con tu Vag-Com la temperatura y las rpm en el momento de arrancar el coche y compararlo con otro coche con el mismo tipo motor o parecido y compararlo también cuando te aparece la averia.
Saludos.