La bobina que lee el chip la gestiona el cuadro, otra cosa es que el cuadro y la centralita tienen que estar "casados" (PIN).
Se me ocurre que lleve (o llevara) el chip "pegado" cerca de la bobina y se haya movido o caído.
Todos los sistemas para anular el inmo no son temporales, se guardan en la eeprom tango los datos como la anulación, por eso me extraña que desconectando la batería te haya pasado lo que cuentas...